编者按
我们在早期的推送中介绍过，circRNA并不是一类冗余的剪切错误产物，而是一类参与多个生命过程单链环状转录本。circRNA的功能包含以下几类：
参与调控转录及剪切过程
驱动假基因形成
miRNA海绵及蛋白互作
编码蛋白
Fig. Potential Functions of circRNAs. Endogenous circRNAs are involved in gene expression regulation through distinct mechanisms. I: the processing of circRNAs affects splicing of their linear mRNA counterparts. II: circRNAs can regulate transcription of their parental genes. III: circRNAs can regulate splicing of their linear cognates. IV: circRNAs can act as miRNA sponges. V: circRNAs can act through associated proteins. VI: circRNAs can be translated. VII: circRNAs are resources for derivation of pseudogenes. VIII: circRNAs are promising biomarkers.
miRNA sponge研究近况
由于特殊的拓扑结构且时空特异表达，circRNA受到越来越多的关注。根据最新的研究报道，circRNA研究主要的落脚点仍是miRNA海绵，并绘制调控网络途径，进而指出circRNA能够成为一个潜在的生物标记物，作为预前指标。比如，
又比如，我们在前期推送中所展示的简报：
QKI/ YY1 / p65 / p300 / circ0008150 - miR-381-3p
等等… 其实还蛮多的。其实circRNA的功能不仅仅局限于miRNA海绵，又或者说大部分circRNA并不具有miRNA海绵功能，那么为什么大家还是那么愿意或者设计验证实验的过程中总是介入miRNA呢？
我想，原因大致有三：
其一，miRNA作为早期真核生物调控者研究比较透彻了，新鉴定circRNA能够与这些明星miRNA或者miRNA所对应的明星mRNA关联上，这份研究报告就容易吸睛，即丰富了原有的调控网络；
其二，circRNA具有海绵功能，也就说“能吸能放”，那么这条研究的实验验证就显得相对于简单，最直接的就是通过互作pull down，或者是通过过表达，检测其中的表达差异。因此，也算能够以简便的方法找到分子之间的关系。
其三，circRNA登场的文章，就是展示与miR-7互作，发表在NATURE，因此，很容易被模仿。
当然，circRNA研究不仅仅局限与此，比如真核调控/可变剪切研究、生信工具的开发，等等。
tips
miRNA是一类真核调控中非常重要得非编码RNA，因此借助miRNA，circRNA功能也能够尽快更快的被挖掘。在此，我们来梳理一下miRNA海绵的研究方法：
circRNA与miRNA互作关系主要基于生信预测，目前常用的预测程序有： miRanda, PITA and RNAhybrid等，一般来说会取其中两款或者三款的交集，根据互作的能量，以下参数仅做参考：
total score≥140, total energy < 17kcal/mol;
combined interaction energy (△△G) < 10;
minimum free energy (MFE) ≤ 20kcal/mol.
当然，也可以借助于开发的数据库，比如circBank、CSCD 、PlantcircBase 等进行快速检索。
需要注意的是，circRNA海绵可能存在以下几种情况：
一条circRNA可能具有结合多条不同miRNA的能力；
一条circRNA也可能具有结合多条相同miRNA的能力；
circRNA与miRNA的互补并不一定是完全匹配的，这种机制可能同时影响由miRNA引导的circRNA降解过程。
体外的湿实验主要关注的分子杂交，体内实验的话就要通过过表达或者基因编辑验证调控关系。
