作为一名生物科研狗，在饱受实验折磨的同时，相信大家也都多少会受到一些生信软件的“宠爱”。比如需要做序列比对，却不知道该用什么软件，不知道怎么设参数、不懂怎么读结果。
上次我们详细地给大家介绍一款必会比对程序BLAST的用法，今天再给大家介绍2种常用多重序列比对工具，方便大家自己选择。
1 多重序列比对工具Clustal
1、ClustalX下载与安装
下载网址：http://www.clustal.org/clustal2/
下载后点击安装
选择安装地址，点击Next
最后就安装成功了，是不是超简单
2、ClustalX介绍及相关应用
ClustalX程序：
加载序列：
多序列比对：
剖面比对：
ClustalW应用：
多序列比对结果：
ClustalW与clustalX形成的比对文件是一致的，通常我们用窗口程序clustalX即可，但序列量大工作重复时,可使用DOS命令行程序，clustalW来降低工作量
2 多重序列比对工具Clustal Omega
Clustal Omega是clustal系列的最新升级版，能够快速的做大量比对，与clustalw的交互式相比，可以直接使用命令行进行操作，便于批量比对。
网址：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
Clustal Omega在线工具：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
Clustal Omega在线比对：
参数设置与clustalX基本一致！clustal Omega提升部分主要是算法模型，多序列比对的原则无本质变化。
Clustal Omega在线比对结果：
Clustal Omega在线比对的结果与Clustalx等比对结果是基本一致的，所需要关注的信息也一致，但在线工具容易受网络质量困扰。
Clustal Omega本地程序：http://www.clustal.org/omega/
Clustal Omega本地程序使用：
Clustalo与Clustalw均为DOS命令版软件，没有窗口界面，依靠DOS命令运行。
clustalo -i sequence.fasta -o align.phy –outfmt=phy
主要命令 clustalo
程序名称
-i 输入文件
-o 输出文件
--outfmt=phy
输出格式phy
Clustal Omega本地比对结果：
进入结果保存文件夹打开结果文件
比对结果：clustalo本地比对结果与clustalw一致
